溶解不均匀或不充分会影响聚丙烯酰胺的使用效果。粉状的聚丙烯酰胺在干燥、阴凉的地方可存放二年以上，但配成溶液后，其存放时间很有限。一般说，溶液浓度为0.1%时，非离子聚丙烯酰胺、阴离子聚丙烯酰胺聚合物溶液不超过一周，阳离子型聚合物溶液不超过一天。
聚丙烯酰胺对铁离子、钙离子、镁离子比阴离子聚合物质更敏感。铁离子是造成所有聚丙烯酰胺化学降解的催化剂，因此，在配制、转移、贮存聚丙烯酰胺溶液时，要尽量避免铁离子进入、溶液接触设备较好用不锈钢、塑料、玻璃钢或表面涂料树脂的碳钢材质的容器。
溶液稳定性与浓度有关，配的浓度越浓(如3%到5%)的溶液存放时间越长。但3%到5%的溶液不能直接去处理污水，使用前还要稀释，阳离子聚丙烯酰胺溶液PH值小于5.5时较稳定，大于6.0时会因水解而迅速失效。
污水的性质也会影响
聚丙烯酰胺的使用效果，因为每个行业产生污水性质不同，有时候会产生波动，且较复杂，对于复杂的水质处理投加单一一种药剂根本满足不了水处理的要求，需要配合其他药剂进行混合处理，这样产品的效果会更加稳定。
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